Das Naturhistorische Museum wurde Ende des 19. Jahrhunderts auf Initiative von Giacomo Doria gegründet, einem Liebhaber der Naturgeschichte, der seine Sammlungen zusammen mit denen von Lorenzo Pareto und Prinz Oddone von Savoyen ausstellte.

Später wurde dieser Kern durch Erwerbungen aus den von Doria finanzierten Expeditionen sowie durch Nachlässe und Schenkungen bereichert. Der Umfang des gesammelten Materials machte es notwendig, das Museum in ein eigens zu Beginn des 20. Jahrhunderts entworfenes und erbautes Gebäude zu verlegen.

Heute ist das Museum das älteste der Stadt und sicherlich eines der bedeutendsten der Stadt. Die Sammlungen werden in Vitrinen präsentiert, die mit Informationssystemen zu ihrem Inhalt ausgestattet sind: Insgesamt gibt es rund viereinhalb Millionen Funde und Exemplare.

Der Grundriss sieht eine Aufteilung in 23 Räume vor. Der Rundgang beginnt im Raum, der der Paläontologie gewidmet ist, und geht weiter in den Sälen, in denen Sammlungen von hohem wissenschaftlichem Wert , vor allem zoologische, ausgestellt sind. Auch an Abschnitten mit botanischen Exemplaren und Sammlungen von Fossilien, Gesteinen und Mineralien mangelt es nicht. Zu den bedeutendsten Sammlungen gehören die der Säugetiere , die der Vögel und die der Insekten.