Das Naturhistorische Museum befindet sich im historischen Zentrum von Ferrara. Der erste Museumskern wurde im achtzehnten Jahrhundert dank einer Mineralienspende des Domherrn Antonio Marescotti an das bereits bestehende Stadtmuseum geboren. 1850 bereicherte eine Spende von Elia Rossi die Sammlung zoologischer Exemplare aus Afrika. 1862 stellte die Universität von Ferrara, die damals im Besitz der Gemeinde war, fest, dass es notwendig sei, ein Museum zu gründen, um die Lehren des neuen Lehrstuhls für Naturgeschichte zu unterstützen. Die offizielle Einweihung fand 1872 in den Räumlichkeiten des ehemaligen Klosters der Märtyrer in Via Roversella statt. Die Leitung wurde Galdino Gardini anvertraut, der sich eifrig um die Beziehungen zu den verschiedenen Spendern und Wohltätern (Elia Rossi, Angelo Castelbolognesi, Enea Cavalieri, Angelo Fiorini, Angelo Conti) kümmerte: Das Museum vergrößerte sein Erbe enorm und erreichte mehr als 74.000 Exemplare der Zoologie , Mineralogie, Geologie, Paläontologie und Ethnographie. Gardinis Pensionierung im Jahr 1892 markierte eine erste Phase der Stagnation für die Aktivitäten des Museums, das wegen Inventarisierung geschlossen und erst 1937 wiedereröffnet wurde, nachdem die bereits teilweise zerstückelten Sammlungen in das von Ingenieur Carlo eigens entworfene und gebaute neue Gebäude verlegt worden waren Savonuzzi in Zusammenarbeit mit seinem Bruder Girolamo zwischen 1935 und 1937 an den mittelalterlichen Überresten des ehemaligen Stadtkrankenhauses. Seine Vitalität erlangte das Museum jedoch erst nach dem Zweiten Weltkrieg, als die Leitung Mario Francesco Canella anvertraut wurde, der seine Geschicke zwischen 1952 und 1978 leitete. 1982 wurde die Leitung von Fausto Pesarini, Naturforscher und Biologe, übernommen, der befördert wurde eine tiefgreifende strukturelle und funktionale Erneuerung. Seit 2012 wird es von Stefano Mazzotti geleitet, ehemaliger Kurator für Zoologie am selben Museum seit 1990.