Das Museo Archeologico Nazionale di Napoli - MANN ist eines der ältesten und wichtigsten der Welt hinsichtlich Reichtum und Einzigartigkeit des archäologischen Erbes. Die Entstehung und Bildung seiner Sammlungen sind mit der Figur von Carlo III di Borbone verbunden, der 1734 den Thron des Königreichs Neapel bestieg und die Erforschung der von dem Ausbruch des Vesuvs im Jahr 79 n. Chr. verschütteten Städte vorantrieb und das Projekt eines Museo Farnesiano initiierte, mit der Verlegung eines Teils der reichen Sammlung, die er von seiner Mutter Elisabetta geerbt hatte, in die Stadt.

Die Entscheidung, die Farnese-Sammlung und die Vesuv-Sammlung im heutigen Gebäude zu vereinen, geht auf seinen Sohn Ferdinando IV zurück, die die beiden Hauptkerne des Museo Archeologico Nazionale di Napoli - MANN bilden. Hier wird auch eine wichtige Sammlung ägyptischer Funde aufbewahrt, die in Bezug auf Reichtum nur nach der des Ägyptischen Museums Kairo und des Ägyptischen Museums Turin steht.

Der Palast, der Ende des 16. Jahrhunderts als Reithalle erbaut wurde und ab 1616 Sitz der Universität war, wurde ab 1777 von den Architekten Fuga und Schiantarelli einer langen Phase der Restaurierungsarbeiten unterzogen. Die ersten Einrichtungen entstanden während des Französischen Jahrzehnts (1806-1815) und mit der Rückkehr der Bourbonen nach Neapel im Jahr 1816 erhielt das Museum den Namen Real Museo Borbonico. Als eine Einrichtung mit enzyklopädischem Charakter konzipiert, beherbergte das Gebäude verschiedene Institute und Labors, die später an andere Standorte verlegt wurden.

Mit der Einheit Italiens wurde das Museum national. Seine Sammlungen wurden allmählich durch Funde aus Ausgrabungen in Süditalien sowie durch private Sammlungen bereichert.

Die Verlegung der Pinakothek nach Capodimonte im Jahr 1957 hat sein heutiges Erscheinungsbild als Archäologisches Museum bestimmt.