El Muséum de Besançon es uno de los tres museos ubicados dentro de la Citadelle, la fortaleza militar que domina Besançon construida a instancias del Rey Sol y hoy protegida como Patrimonio de la Humanidad. Es un museo de ciencias e historia natural que se ocupa del estudio, difusión, conservación y puesta en valor del patrimonio científico y natural y de la conservación de las especies y su entorno.

Las colecciones de historia natural contienen más de un millón de objetos, incluido un excepcional fondo naturalizado, lo que convierte al museo en un precioso testimonio y una clave para entender la biodiversidad. El museo también cuenta con un parque zoológico, reconocido por su participación en proyectos de conservación de especies autóctonas, como el cangrejo de río, o internacionales, como los lémures, realizados en colaboración con profesionales y científicos del ámbito de la fauna salvaje. Sus habilidades zootécnicas en la cría y reproducción de especies raras y en peligro de extinción son reconocidas internacionalmente.