El patrimonio documental de la Universidad de Siena, ahora presente en las oficinas de las distintas secciones del Departamento de Ciencias Históricas y Patrimonio Cultural, incluye colecciones que se han formado en el transcurso de más de treinta años de búsqueda e investigación en Toscana, Italia y todo' en el extranjero. A las colecciones arqueológicas en sentido estricto se suman los materiales didácticos en forma de réplicas, vaciados, copias de producciones y manifestaciones artísticas. Las colecciones de arqueología, actualmente en almacenamiento temporal en los laboratorios del Departamento, consisten en hallazgos encontrados durante las actividades de investigación de campo (excavaciones y reconocimientos) y colecciones educativas, paneles, reproducciones y réplicas. El patrimonio incluye artefactos en piedra, cerámica, metales y vidrio, monedas, frescos, fauna, hallazgos paleobotánicos y antropológicos; algunos conjuntos constituyen colecciones temáticas en sentido cronológico, cultural o por sitio arqueológico.

Las colecciones más consistentes están relacionadas con las colecciones de producciones cerámicas de varias civilizaciones del mundo antiguo, desde la prehistoria hasta el Renacimiento, provenientes principalmente de la Toscana; de hecho, están íntimamente ligados a la actividad investigadora que se desarrolla principalmente en la región. El Sistema de Museos de la Universidad de Siena (SIMUS) representa el resultado tangible de siglos de estudio e investigación en el territorio de Siena. El Sistema constituye una suma de la evolución del pensamiento, no sólo científico, a través de colecciones de herramientas, artefactos, maquetas didácticas, reliquias y documentos de archivo. Gracias al compromiso apasionado de investigadores y personal universitario, estos museos siguen constituyendo una herramienta didáctica eficaz para la enseñanza y la difusión del conocimiento.