Le Musée Diocésain et la Crypte de San Rufino se trouvent dans le centre historique d'Assise. Le Musée a été inauguré en 1941 dans les sous-sols de la cathédrale et du palais des Chanoines. L'objectif du Musée est de conserver et de valoriser les œuvres les plus importantes provenant de la cathédrale et de certains oratoires voisins. La collection muséale est composée d'environ 300 œuvres exposées en neuf sections. D'un grand intérêt est certainement le Couloir où sont exposés des vestiges archéologiques retrouvés dans la région. La collection archéologique est principalement composée de chapiteaux sculptés et du sarcophage du IIe siècle après J.-C. avec le rituel de la libation. Les autres salles présentent des peintures des XIVe et XVe siècles et des étendards du XVIIe siècle avec des représentations de Saint François et de Sainte Catherine. Parmi les œuvres les plus célèbres figure le Martyre de Sainte Catherine d'Alexandrie d'Orazio Riminaldi, célèbre peintre de la Confrérie. La collection a été enrichie par un important don de Frederick Mason Perkins, historien de l'art, résidant depuis un certain temps à Assise. La crypte de San Rufino est un joyau de l'architecture romane qui conserve encore aujourd'hui les décorations originales. En particulier, nous retrouvons les quatre symboles des évangélistes : l'ange de Saint Matthieu, le lion de Saint Marc, l'aigle de Saint Jean et le taureau de Saint Luc.