L'église de San Fedele a été construite à partir de 1569 par l'architecte Pellegrino Tibaldi (1527-1596) à la demande des jésuites et de l'archevêque Carlo Borromeo, l'un des principaux réformateurs de l'Église catholique au XVIe siècle. Enfin, Pietro Pestagalli au XIXe siècle a terminé la façade et construit le maître-autel. L'église de San Fedele, après la suppression de l'ordre des Jésuites (1773-1814), passa aux soins des chanoines de l'église voisine de Santa Maria della Scala, démolie à cette époque pour faire place au Teatro alla Scala. Après la Seconde Guerre mondiale, San Fedele est revenu aux jésuites qui ont commencé une série d'activités sociales, culturelles et artistiques encore aujourd'hui réunies dans la Fondation culturelle San Fedele. L'itinéraire du musée se développe dans l'église de San Fedele et dans certains espaces environnants et a été inauguré le 31 décembre 2014, à la fin d'une décennie de restaurations qui ont affecté ces environnements. Elle est étroitement liée à l'histoire de la Galerie San Fedele qui a commencé dans les années 1950 dans la Fondation jésuite du même nom. Des artistes du calibre de Carlo Carrà, Mario Sironi et Lucio Fontana ont collaboré à ce site expérimental, un laboratoire expressif. David Simpson, Mimmo Paladino, Jannis Kounellis, Sean Shanahan, Claudio Parmiggiani et Nicola De Maria sont quelques-uns des artistes interviewés ces dernières années pour réfléchir sur des thèmes fondamentaux de la foi, tels que l'Apocalypse, la Croix, la Jérusalem céleste, l'ex-voto , avec des œuvres conçues pour les espaces et les espaces de l'église.