Le Palazzo del Rettorato est le cœur de l'Université de Sienne et à l'intérieur se trouve l'itinéraire du musée historique qui rassemble des œuvres d'art, des objets et des documents qui représentent la mémoire historique de l'Université. Du Moyen Âge à 1808, l'activité de l'Université s'est déroulée, pratiquement sans interruption, dans l'ancienne Casa della Sapienza et à l'hôpital de Santa Maria della Scala. En 1808, sur ordre du gouvernement français, l'atelier siennois est supprimé pour ne reprendre sa pleine activité qu'avec la Restauration. C'est à cette occasion, en 1816, que l'Université s'installe à son emplacement actuel, anciennement un collège jésuite de San Vigilio.

Le bâtiment n'avait à l'origine qu'une seule entrée, à côté de l'église de San Vigilio, mais en 1892, l'architecte Giuseppe Partini a créé la nouvelle entrée de via Banchi di Sotto et a donné à la cour son aspect actuel.

En franchissant aujourd'hui le seuil, vous avez la possibilité de faire une sorte de parcours dans l'histoire de l'Université du Moyen Âge à nos jours à travers une série de témoignages, exposés dans des vitrines particulières ou conservés aux Archives historiques, qui constituent un parcours articulé chronologiquement en six salles.

Les Archives historiques conservent la documentation produite et acquise par l'Université de 1560 à 1955 qui permet de comprendre le développement de l'Université à cette époque et de reconstituer les biographies des principaux personnages qui y ont enseigné ou étudié. L'archive fait partie d'un "parcours historique" constitué d'une série d'objets et de documents qui marquent les principaux épisodes de la vie de l'université.