Le Musée Botanique, créé en 2007, est une structure du Département des Sciences de la Vie de l'Université de Sienne et comprend les deux musées/laboratoires universitaires historiques : le Jardin Botanique et l'Herbier.

Le Jardin botanique de Sienne est situé depuis 1856 à l'intérieur des anciens remparts de la ville, dans la vallée (environ 2,5 hectares) qui s'ouvre entre Porta Tufi et Porta San Marco. Il préserve plus de 2 000 espèces végétales, des espèces méditerranéennes typiques de l'environnement toscan aux plus originales des pays exotiques. La structure visible aujourd'hui, organisée dans le style des jardins italiens du XIXe siècle, est un lieu évocateur, avec de nombreux témoignages qui retracent son histoire jusqu'au XVIe siècle. La grande partie restante du jardin qui s'ouvre sur la vallée conserve cependant l'aspect d'une ferme, entrecoupée de zones rocheuses et humides pour la présentation des environnements toscans particuliers.

L'Herbier (Herbarium Universitatis Senensis) est situé dans deux salles climatisées du Département et constitue une source précieuse d'informations botaniques et historiques, ainsi qu'un outil de recherche et d'enseignement indispensable pour l'Université. L'Herbier comprend plus de 90 000 plantes vasculaires séchées, lichens, bryophytes, champignons, algues et est divisé en différentes sections : les Collections historiques et les Collections.