La nascita della raccolta pubblica dei reperti archeologici tarantini si collega alle turbolente vicende che hanno caratterizzato l’archeologia degli ultimi decenni dell’Ottocento e degli inizi del secolo successivo, in cui il mercato antiquario locale causò la dispersione di oggetti preziosi confluiti in Musei italiani e stranieri. Il Museo Nazionale Archeologico di Taranto, istitutito nel 1887, è ubicato nel Convento di S. Pasquale, o dei frati Alcantarini, costruito poco dopo la metà del XVIII secolo. L'edficio è stato ingrandito e risistemato in varie fasi, a partire dal 1903, epoca della ricostruzione delle facciate su progetto di Guglielmo Canterini, mentre l'ala settentrionale è stata progettata da Carlo Ceschi e realizzata tra il 1935 ed il 1941.
Il percorso inizia dal secondo piano che mostra le fasi più antiche della stora dell'insediamento in Puglia (Paleolitico e Neolitico) per giungere alla fondazione della colonia greca e alla città classica ed ellenistica. Il percorso espositivo del Museo, che tiene conto delle carattristiche dei materiali della raccolta museale e della possibilità di riferire ai contesti di scavo la maggior parte de reperti, illustra la storia di Taranto e del suo territorio dalla Preistoria all'Alto Medioevo, sviluppandosi diacronicamente dal secondo al primo piano.
Il MArTa offre una densa programmazione didattica e culturale, che prevede ogni giorno un'intensa attività di valorizzazione, formazione e ricerca destinata a coinvolgere le più diverse fasce di utenza (bambini, adolescenti, pubblico generalista, pubblico con disabilità).