La storia del MAEC prende avvio nel 1727, allorchè nacque l’Accademia Etrusca che aveva tra i suoi scopi statutari la diffusione della cultura storica e artistica attraverso i fondamentali strumenti della Biblioteca e del Museo; nel corso dei quasi tre secoli di vita il Museo in particolare ha avuto sviluppi straordinari, fino alla definitiva strutturazione avvenuta nel 2008.
Attualmente è suddiviso nelle due principali sezioni dedicate rispettivamente all’Accademia Etrusca e alla Città etrusca e romana di Cortona; nella prima sono raccolte le testimonianze della vita e dell’attività continua della più nota istituzione culturale cittadina, a partire dai primi lasciti disposti dagli accademici del Settecento e dell’Ottocento o dagli acquisti via via effettuati: fra le opere di maggiore pregio  sono da ricordare il lampadario etrusco in bronzo, la cosiddetta Musa Polimnia, la raccolta di ceramiche e bronzi etruschi e romani, la collezione Corbelli di materiali della civiltà egizia; non mancano testimonianze più recenti, come l’imponente raccolta di oggetti d’arte e di arredamento già detenuti dalla famiglia Tommasi Baldelli, una delle più note casate cittadine, o la serie di opere del pittore cortonese Gino Severini, uno dei fondatori del futurismo, cedute a Cortona dallo stesso Maestro. Vengono inoltre presentati molti materiali archeologici provenienti dalla città e dal territorio.