Il Museo Archeologico è ospitato a Palazzo Giovio, residenza urbana dei conti omonimi, dal 1897. Risalente al tardo medioevo, l'edificio subì alcuni rimaneggiamenti nel XVI secolo ma prese la forma attuale nel XVIII con Giovan Battista Giovio, che fece allestire anche i giardini con la costruzione della scalinata e del ninfeo. Il museo è diviso in varie sezioni, concentrandosi principalmente sulla storia del territorio comasco come illustrato dai reperti archeologici sin dalle prime tracce dell'occupazione umana. La sezione preistorica e protostorica fornisce un quadro particolarmente ben documentato della cultura golasecca, sviluppatasi nel comasco nel I millennio a.C. La sezione romana presenta materiale proveniente dalla città di Novum Comum, fondata da Giulio Cesare, e illustra gli aspetti più salienti della vita quotidiana del tempo. Alcune sale sono dedicate a collezioni costruite nel XIX secolo, comprese quelle che custodiscono reperti preistorici, oggetti egizi, vasi greci, gemme, monete e piccoli bronzi.