Das Diözesanmuseum und die Krypta von San Rufino befinden sich im historischen Zentrum von Assisi. Das Museum wurde 1941 in den Kellern des Doms und des Kanonikerpalastes eröffnet. Das Ziel des Museums ist es, die wichtigsten Werke aus dem Dom und einigen benachbarten Oratorien zu bewahren und zu schätzen. Die Museumssammlung besteht aus etwa 300 Werken, die in neun Abschnitten ausgestellt sind. Besonders interessant ist sicherlich der Korridor, in dem archäologische Funde aus der Region ausgestellt sind. Die archäologische Sammlung besteht hauptsächlich aus geschnitzten Kapitellen und dem Sarkophag aus dem 2. Jahrhundert n. Chr. mit dem Libationsritus. Die anderen Räume präsentieren Gemälde aus dem 14. und 15. Jahrhundert sowie Banner aus dem 17. Jahrhundert mit Darstellungen von San Francesco und Santa Caterina. Zu den berühmtesten Werken gehört das Martyrium der Heiligen Katharina von Alexandrien von Orazio Riminaldi, einem bekannten Maler der Bruderschaft. Die Sammlung wurde durch eine wichtige Spende von Frederick Mason Perkins, einem Kunsthistoriker, der lange in Assisi lebte, bereichert. Die Krypta von San Rufino ist ein Juwel der romanischen Architektur, das noch heute die originalen Dekorationen bewahrt. Insbesondere finden wir die vier Symbole der Evangelisten: den Engel von San Matteo, den Löwen von San Marco, den Adler von San Giovanni und den Stier von San Luca.