La celebre immagine di Andrea Doria nelle vesti di Nettuno fu dipinta dal Bronzino per la collezione di effigi di uomini illustri di Paolo Giovio, personalità di rilievo della cultura del XVI secolo. Del dipinto eseguito per il Giovio, oggi conservato presso la Pinacoteca di Brera a Milano, esiste una seconda versione, oggi visibile nella sala di Perseo di Villa del Principe. Il dipinto della collezione Doria, fu realizzato dal Bronzino probabilmente tra il 1545 e il 1546. Nella tela, il Doria, raffigurato in nudità eroica, in parte ispirata al David di Michelangelo, è appoggiato all’albero di una nave e impugna un remo nella mano destra.  Il volto appare idealizzato rispetto ai reali tratti di Andrea Doria ed è caratterizzato da una lunga barba ondulata, tradizionalmente attribuita a Nettuno.  

Il dipinto immortala Anna Pamphilj, figlia di Camillo principe di Valmontone e di Olimpia Aldobrandini Borghese, promessa sposa di Giovanni Andrea III Doria. Come era consuetudine dell’epoca i due sposi non si conoscevano personalmente e per questo, prima del matrimonio, celebrato per procura a Roma il 25 ottobre 1671 e festeggiato a Genova all’arrivo della sposa, la famiglia Pamphilj inviò al fidanzato un ritratto di Anna. Il dipinto raffigura la giovane in un elegante abito di moda francese mentre tiene in mano un giglio, simbolo di purezza. Il quadro è attribuito a Jacob Ferdinand Voet, ritrattista della Roma tardo Barocca. 

Il famoso ritratto di Andrea Doria fu eseguito su tavola da Sebastiano del Piombo per ordine di papa Clemente VII nel 1526, quando il Doria divenne comandante supremo della flotta pontificia. Andrea è raffigurato all’età di sessant’anni in un austero abito nero, con la berretta di ammiraglio sul capo. Sotto la figura è rappresentato un fregio all’antica nel quale sono effigiati sei trofei navali, ripresi da una decorazione marmorea del I secolo a.C. attualmente conservata ai Musei Capitolini di Roma. Tali emblemi probabilmente alludono alle sei galee messegli a disposizione dal Papa. Stilisticamente l’opera è di gran pregio. La finissima modulazione di grigi e neri conferisce, per contrasto, il massimo risalto agli unici elementi pittorici di colore vivo: il volto di Andrea e la mano che indica gli emblemi del fregio sottostante.

La serie di arazzi dedicata alla Battaglia di Lepanto si compone di sei grandi panni. Nel maggio del 1571 Papa Pio V costituì la Sacra Lega, riunendo le potenze rivali di Genova e Venezia, la Spagna di Filippo II e numerose potenze minori. La Sacra Lega dichiarò guerra ai turchi e il 7 ottobre del 1571 li affrontò nell’epica battaglia di Lepanto che vide la flotta cristiana trionfare su quella turca. Il ciclo di arazzi fu commissionato da Giovanni Andrea I, nipote e successore di Andrea e destinato come lui a diventare Generale delle galee della flotta spagnola. Le scene di battaglia sono racchiuse all’interno di finte cornici architettoniche, costituite da un basamento con un’iscrizione affiancata da allegorie e da colonne su cui poggiano figure femminili che simboleggiano le virtù indispensabili per ottenere la vittoria e la fama. Tutti gli arazzi sono dominati al centro della porzione superiore dall’aquila araldica dei Doria.

Il tema scelto per la decorazione del salone dei Giganti di Villa del Principe, affrescata da Perin del Vaga, allievo di Raffaello, è quello del mito greco di Esiodo e Apollodoro, secondo il quale i Giganti, nati dalle gocce di sangue di Urano cadute sulla terra, assaltarono l’Olimpo con l’intento di spodestare gli dei. La feroce lotta che ne seguì, detta “Gigantomachia”, fu vinta dagli dei, guidati da Giove. Nell’affresco è raffigurato Giove al centro della schiera degli dei dell’Olimpo nell’atto di scagliare le folgori sui Giganti. Il trionfo di Giove sui Giganti è da interpretare, secondo quanto suggeriscono le fonti del tempo, come un’allegoria del trionfo dell’Imperatore Carlo V sui suoi nemici, in particolare i Turchi e i Protestanti.

I due grandi panni conservati nel Salone dei Giganti, raffiguranti le Storie di Alessandro Magno, sono considerati dagli esperti tra i più importanti arazzi del Quattrocento. Tessuti con filati d’oro, d’argento, di seta e di lana, furono realizzati intorno al 1460 a Tournai, nel Ducato di Borgogna. Questo arazzo mostra un intreccio di elementi storici e fiabeschi e riflette la Borgogna del XV secolo nella foggia dei costumi, nella tipologia delle armi, nello stile degli edifici. Al centro è raffigurato un episodio leggendario secondo il quale il sovrano macedone raggiunse il Paradiso seduto all’interno di una gabbia ornata di pietre preziose. 

Questo arazzo, grande poco meno di quaranta metri quadrati, descrive alcune scene della giovinezza di Alessandro Magno, a partire dall’arrivo del crudele cavallo Bucefalo – che, prima di essere domato da Alessandro, si cibava di carne umana - lo scontro con il nemico Pausania, la morte di Filippo di Macedonia e il passaggio della corona al giovane figlio Alessandro.